单细胞基因组和转录组特征的测定对于准确评价基因信息与转录组表型的相关性具有重要意义。然而，现有的技术工作流通量低和耗时耗力。
在全自动微流控平台上，研究人员开发了一种对同一细胞内的转录组和目标基因组区域(CORTAD-seq)进行同步测序的新方法。该方法与下游文库的准备工作相兼容，便于集成到现有的下一代测序工作流程中。研究人员整合了一个用于转录组和突变分析的单细胞生物信息学方法。
为证明有效性，研究人员将CORTAD-seq应用于肺癌细胞系，以分析导致对靶向治疗产生耐药性的突变的细胞后果。获得了6000个表达基因的平均检出率和50%的外显子率。目标dna测序数据对突变的检出率为97.8%，可以识别拷贝数的变化和单倍体的构建。研究人员检测了耐药细胞对酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药、表皮生长因子受体(EGFR)扩增和T790M突变扩增的表达特征。此外，还确定了独立于EGFR T790M的TKI抗性特征，这表明在这种情况下，抗性还需要其他改变。
研究表明，CORTAD-seq可以评估单个细胞中遗传和转录组改变之间的相互联系。它是在一个自动化的、商用的单细胞隔离平台上运行的，这使得它的实现非常简单。
原始出处：
Say Li Kong, Huipeng Li, Joyce A. Tai,
Elise T. Concurrent Single-Cell RNA and Targeted DNA Sequencing on an Automated
Platform for Comeasurement of Genomic and Transcriptomic Signatures
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作者：MedSci
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