Nat Commun：利用游离DNA检测早期胰腺癌
2020-10-20 haibei MedSci原创
使用基因组和蛋白质组技术的转化研究已经为胰腺癌的发病机制和生物学提供了分子见解，但尚未产生强大的诊断生物标志物来影响疾病的早期诊断，这反映在10％的低总体5年生存率上。
胰腺癌被检出时常表现为晚期，且症状不明显，那时只有10-20%的患者符合手术切除的条件。胰腺导管腺癌（PDAC）占所有胰腺癌病例的90%以上，其次最常见的亚型是神经内分泌肿瘤。胰腺导管腺癌（PDAC）占所有胰腺癌病例的90%以上，其次最常见的亚型是神经内分泌肿瘤。
吸烟赋予了胰腺癌2-3倍的高风险，同时促成了大约15-30%的病例，吸烟者比不吸烟者年轻8-15年诊断出胰腺癌。家族史也会促成约10％的病例。BRCA2，BRCA1，CDKN2A，ATM，STK11，PRSS1，MLH1和PALB2等基因的种系突变与胰腺癌的可变穿透性相关。
使用基因组和蛋白质组技术的转化研究已经为胰腺癌的发病机制和生物学提供了分子见解，但尚未产生强大的诊断生物标志物来影响疾病的早期诊断，这反映在10％的低总体5年生存率上。
最近，研究人员在Nature Communications发文，介绍了通过5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）在循环细胞游离DNA中的变化，在PDAC队列（n = 64）与非癌症队列（n = 243）进行非侵入性检测胰腺导管腺癌（PDAC）。
差异性羟甲基化存在于数千个基因中，最显著的是与胰腺发育或功能相关的基因（GATA4、GATA6、PROX1、ONECUT1、MEIS2），以及癌症发病机制相关的基因（YAP1、TEAD1、PROX1、IGF1）。
结果显示，在KRAS激活和TP53失活后，PDAC队列中的cfDNA羟甲基组差异性富集在了PDAC肿瘤中通常去调控的基因上。利用基因中5hmC密度建立的正则化回归模型的AUC为0.92（发现数据集，n = 79）和0.92-0.94（两个独立测试集，n = 228）。
此外，组织衍生的5hmC特征可用于分类PDAC cfDNA（AUC = 0.88）。
这些研究结果表明，即使在早期疾病期间，根据5hmC的变化也能对PDAC进行分类。
原始出处：
Gulfem D. Guler et al. Detection of early stage pancreatic cancer using 5-hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell free DNA. Nature Communications (2020).
作者：haibei
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