论文解读｜Liu B/ Ji G/ Shi Y/ He G教授团队揭示SMPD3甲基化可能作为NASH和轻度纤维化诊断新指标

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是一种全球性普遍存在的肝脏疾病，许多患者可能发展为更严重的非酒精性脂肪性肝炎（NASH）。近年来，DNA甲基化作为关键的表观遗传调控机制，在NAFLD的发生发展中发挥着重要作用。研究发现，肝脏中的DNA甲基转移酶与NAFLD活动评分（NAS）存在显著关联，且在NASH中的活性高于单纯性脂肪肝。

近日，来自上海中医药大学的Baocheng Liu/Guang Ji教授团队和上海交通大学的Yi Shi/Guang He教授团队在本刊发表了题为“DNA methylation of SMPD3-based diagnostic biomarkers of NASH and mild fibrosis”的研究快讯，旨在阐明DNA甲基化基因在NASH和轻度纤维化患者的肝脏中发挥的作用，以区分NAFLD的不同阶段，并为NAFLD的诊断和管理提供精准医学方法。

1. 研究方法

研究团队对GSE48325 和 GSE49542数据库中的NAFLD病人数据进行DNA甲基化分析（图1A），筛选甲基化差异基因；并构建了高脂肪饮食诱导的NASH小鼠模型以及甲硫氨酸胆碱缺乏饮食诱导的轻度纤维化小鼠模型，验证了SMPD3基因甲基化在NASH和纤维化中的变化。

2. 研究结果

通过对比不同肝病程度患者的甲基化水平，研究团队发现SMPD3基因在NASH和轻度纤维化患者中的甲基化水平明显升高（图1A）。与NASH相比，SMPD3（cg07735969）在轻度纤维化中的甲基化水平更高。

NASH模型小鼠的肝脏中CpG_1位点的甲基化水平显著低于轻度纤维化模型小鼠。与轻度纤维化的小鼠相比，NASH模型小鼠的脂肪组织中Smpd3基因的CpG_1和CpG_2位点的甲基化水平显著降低（图1E、F）。NASH小鼠的脂肪组织中Smpd3 mRNA的表达水平显著高于轻度纤维化的小鼠（图1F）。此外，在NASH和轻度纤维化的小鼠中，Smpd3的平均甲基化水平在肝脏中显著高于在脂肪组织中，并且Smpd3的mRNA表达水平在肝脏中显著低于在脂肪组织中（图1E，F）。NASH和轻度纤维化小鼠的脂肪和肝脏中，Smpd3的CpG单元的甲基化与其生物学特性之间存在着显著的关联性（图1G、H）。 

图1 Smpd3的DNA甲基化在NASH和轻度纤维化中存在差异。

3. 研究结论

该研究分析了NASH及轻度纤维化中DNA甲基化对Smpd3基因表达的影响。Smpd3基因的DNA甲基化在区分NASH和轻度纤维化中具有潜在价值，并且这种甲基化模式在肝脏中存在组织特异性。这表明 Smpd3 的 DNA 甲基化可能作为NASH和轻度纤维化的潜在生物标志物，有助于更好地理解疾病的发生发展机制，并为精准医疗提供新的思路。    

文章来源

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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352304223001708

引用这篇文章：

Wu N, Feng M, Yue S, et al. DNA methylation of SMPD3-based diagnostic biomarkers of NASH and mild fibrosis. Genes Dis. 2024;11(1):99-102.