ARD：通过免疫细胞特异性转录组关联研究对系统性红斑狼疮的生物学见解
2022-06-01 MedSci原创 MedSci原创
六种免疫细胞中的细胞水平全转录组关联研究补充了系统性红斑狼疮（SLE）基因的发现并指导了新遗传关联的识别。这些基因发现提供了对SLE遗传关联的生物学见解。
目的：全基因组关联研究(GWAS)已经确定了超过100个系统性红斑狼疮(SLE)的风险位点，但大多数位点的疾病基因仍不清楚，阻碍了这些基因发现的转化。该研究旨在优先确定在最新东亚GWAS荟萃分析中确定的110个SLE基因座的基因。
方法：研究人员在105名日本人的血B细胞、CD4+和CD8+ T细胞、单核细胞、自然杀伤细胞和外周血细胞中建立了基因表达预测模型。使用来自208370名东亚人的最新全基因组关联荟萃分析的数据进行了全转录组关联研究(TWAS)，并使用TWAS和三种数据驱动的计算方法搜索候选基因。
结果：TWAS鉴定了171个SLE基因（p<1.0×10-5）；114 (66.7%)只在单一细胞类型中表现出显著性；127 (74.3%) 个位于SLE GWAS基因座中。TWAS确定了CD83和SLE之间的强关联（p<7.7×10-8）。对现有208370名东亚人以及另外1498名SLE病例和3330名对照中的基因组关联的荟萃分析发现，在CD83周围的rs72836542（OR=1.11，p=4.5×10-9）处存在新的单基因变异关联。对于110个SLE基因座，研究人员确定了276个候选基因，包括最近发现的SLE新基因座的104个基因。在体外证明了推定的因果变异rs61759532对ACAP1表现出等位基因特异性调节作用，并且SLE风险等位基因的存在降低了ACAP1的表达。
结论：六种免疫细胞中的细胞水平全转录组关联研究补充了SLE基因的发现并指导了新遗传关联的识别。这些基因发现提供了对SLE遗传关联的生物学见解。
出处：Yin X, Kim K, Suetsugu H, et al. Biological insights into systemic lupus erythematosus through an immune cell-specific transcriptome-wide association study. Annals of the Rheumatic Diseases Published Online First: 24 May 2022. doi: 10.1136/annrheumdis-2022-222345
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