Genome Res：RNA测序技术发现胶质瘤新的分子分型特征

生命科学学院生物动态光学成像中心（BIOPIC）苏晓东研究组和北京天坛医院江涛研究组以及加州大学圣地亚哥分校的Clark Chen研究组合作在《Genome Research》杂志在线发表了题为“RNA-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas”的文章。该研究提供了首个针对中国人群脑胶质瘤的高通量NGS测序数据库，提供了脑胶质瘤融合基因的全景图，发现了新的胶质瘤的分子特征，并首次在继发胶质母细胞瘤(secondary glioblastoma)中发现了重复出现的PTPRZ1-MET融合基因及其四种不同的融合方式。这一研究为脑胶质瘤的临床诊断和个性化治疗提供了分子基础。

脑胶质瘤由神经上皮细胞恶化演进形成，是成人中枢神经系统中最常见的恶性肿瘤，致死率极高，恶性脑胶质瘤5年存活期仅5%，具有浸润生长、易复发、预后差等特点。根据WHO形态学分类标准，脑胶质瘤分为四个级别和多种类型，其恶性程度不同，常规放化疗的预后差别较大，不同分型以及原发和复发胶质瘤发生发展的分子机制也有所不同，因此亟需发展针对分子病理的新的分型标准，指导临床治疗和个体化医疗，提高病人的生存期和生存质量。

本研究利用BIOPIC的Illumina HiSeq2000测序平台对272例WHO II, III, IV级以及复发的脑胶质瘤样本进行转录组测序(RNA-seq)，发现了214种融合转录本，其中67种为读码框内融合（图一）。重新独立发现并验证了三种重复出现的融合基因，FGFR3-TACC3、RNF213-SLC26A11、PTPRZ1-MET，在另外的192例独立样品中也具有类似的融合发生频率。 该研究首次报道了一种发生于原癌基因酪氨酸激酶cMET的新的融合基因PTPRZ1-MET（ZM），融合发生的频率约占继发胶质母细胞瘤总数的15%，具有四种不同的融合形式（见图二），融合基因在DNA，RNA，蛋白水平上均得到验证。 研究表明，PTPRZ1-MET融合具有以下几方面特征：(1) PTPRZ1-MET融合可与EGFR扩增事件互斥，并且与脑胶质瘤中常见的IDH1突变不相关。 (2) PTPRZ1-MET融合样本与非融合样本相比，MET、PIK3CA、AKT1基因高表达，提示PIK3CA通路被活化。 (3)外源表达PTPRZ1-MET融合的U87MG细胞与对照相比，具有更高的细胞迁移和侵袭能力。(4) 在复发胶质母细胞瘤病人中，具有PTPRZ1-MET融合的病人预后更差。以上特征提示，PTPRZ1-MET融合很可能在神经胶质细胞瘤发生过程中起原癌基因的作用。

该工作由北京天坛医院、加利福尼亚大学圣地亚哥分校、北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心（BIOPIC）共同完成，苏晓东、Clark C. Chen、江涛为该论文的共同通讯作者，保肇实、陈慧敏、杨明玉为该论文的并列第一作者。该工作得到了国家高技术研究发展计划、国家自然科学基金、国际科技合作计划等资助。

原始出处：

Bao ZS, Chen HM, Yang MY, Zhang CB, Yu K, Ye WL, Hu BQ, Yan W, Zhang W, Akers J, Ramakrishnan V, Li J, Carter B, Liu YW, Hu HM, Wang Z, Li MY, Yao K, Qiu XG, Kang CS, You YP, Fan XL, Song WS, Li RQ, Su XD, Chen C, Jiang T.-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas. Genome Res. 2014 Aug 18. pii: gr.165126.113.