AGBT 2014:二代测序拯救一个年轻的生命 诊断出钩端螺旋体脑炎

2014-03-01 MedSci MedSci原创

在AGBT 2014上,来自加州大学旧金山分校的Joe DeRisi讲述了一个真实的故事,新一代测序如何拯救了一个年轻的生命。 故事的主人公是一名14岁的男孩,他出生时患有严重联合免疫缺陷综合征(SCID)。早些时候他曾接受了骨髓移植手术。这名男孩最初患上结膜炎,再后来是葡萄膜炎。之后他多次就医,白细胞数量也在不断升高。然而,感染的各种检测,利用培养物和PCR,都表现出阴性,无法判断病原体。 医生

在AGBT 2014上,来自加州大学旧金山分校的Joe DeRisi讲述了一个真实的故事,新一代测序如何拯救了一个年轻的生命。

故事的主人公是一名14岁的男孩,他出生时患有严重联合免疫缺陷综合征(SCID)。早些时候他曾接受了骨髓移植手术。

这名男孩最初患上结膜炎,再后来是葡萄膜炎。之后他多次就医,白细胞数量也在不断升高。然而,感染的各种检测,利用培养物和PCR,都表现出阴性,无法判断病原体。

医生最后找到DeRisi,决定用二代测序的方法寻找病原体。他们从患者脑组织活检中纯化出DNA,并通过MiSeq系统进行测序。从DNA到结果的整个过程用了2天。

测序结果表明,序列reads大部分属于人类,但有400+ reads定位到钩端螺旋体(Leptospira),这是一种可引起脑炎的螺旋体。

之后,医生采用大剂量青霉素治疗,男孩开始恢复。

故事中的英雄人物Joe DeRisi并非等闲人,他是基因组学技术的先锋,在2003年曾率先开发出基因芯片来检测SARS病毒。近年来,他们实验室一直积极采用测序等方法来研究传染病,如疟疾、SARS和未知的病毒病原体。

作者:MedSci



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